Kurikulum di Pesantren Al Qur’an KH. Abdullah Syafi’ie, bukan hanya mata pelajaran yang diajarkan di kelas saja, akan tetapi mencakup seluruh aktivitas dan kegiatan santri, baik ketika di kelas, di asrama, di masjid, di lapangan olahrga dan sebagainya. Seluruh kegiatan yang dapat mengantarkan pesantren untuk mencapai tujuan pendidikannya, termasuk kurikulum pesantren. Oleh karena itu, seluruh aktivitas yang diikuti, dilihat, dan didengar oleh santri semuanya dimaksudkan untuk pendidikan.
Kurikulum yang digunakan di Pesantren Al Qur’an KH. Abdullah Syafi’ie merupakan perpaduan yang dinamis dan efektif dari beberapa kurikulum ; yaitu kurikulum Depag, kurikulum Depdiknas, kurikulum pondok modern, dan kurikulum pesantren tradisional. Pelajaran umum, seperti matematika, fisika, kimia, biologi, sejarah, ekonomi dan sebagainya, diambil dari kurikulum Depdiknas. Mata pelajaran agama dan bahasa Arab, seperti tafsir, hadits, aqidah, fiqh, tarikh Islam, nahwu, sharaf dan sebagainya, diambil dari kurikulum Depag dan pesantren modern, sedangkan pengajian kitab-kitab Islam klasik (kitab kuning) diambil dari kurikulum pesantren tradisional.
Selain itu, aktifitas santri dilengkapi dengan berbagai kegiatan ekstra kurikuler dalam beberapa bidang, antara lain : bahasa, komputerisasi, IT (informasi dan teknologi), ketrampilan, life skill, kesenian, organisasi, olahraga dan lain-lain.
Sesuai dengan jenjang pendidikan yang ada, maka kurikulum di Pesantren Al Qur’an KH. Abdullah Syafi’ie diperuntukkan jangka waktu 12 tahun, dari kelas 1 sampai dengan kelas 6 SD, 1 sampai dengan 3 SMP dan 1 sampai dengan 3 SMA yang terintegrasi dan berkesinambungan.
Komposisi kurikulum semacam ini ditetapkan untuk tujuan tertentu. Pengetahuan Bahasa Arab dimaksudkan untuk membekali santri kemampuan berbahasa Arab yang menjadi kunci untuk memahami sumber-sumber Islam dan khazanah pemikiran Islam. Sedangkan Bahasa Inggris digunakan untuk media komunikasi modern dan mempelajari pengetahuan umum, bahkan juga pengetahuan agama Islam yang ditulis dalam bahasa Inggris. Dalam Kurikulum ini diupayakan terwujudnya keseimbangan dan perpaduan antara pengetahuan agama (Dirasah Islamiyah) dan pengetahuan umum.
Perpaduan kurikulum yang seperti ini sengaja dilakukan untuk lebih memperluas wawasan pengetahuan para santri, dan untuk memberikan peluang dan kemungkinan yang lebih luas kepada para santri dalam memasuki jenjang pendidikan lebih lanjut maupun dunia profesi yang akan dipilih setelah mereka menyelesaikan pendidikan di Pesantren Al Qur’an KH. Abdullah Syafi’ie.